公司机关总部设在山东省招远市滨海经济开发区，内设办公室、党群工作部、人力资源部、运输部、安全监察室、财务部、企业管理部7个职能部门，另设设备管理中心，公司党、纪、工、团组织健全。铁路沿线设龙口港站、龙口北站、龙口西站、招远北站、朱桥站、莱州北站、莱州南站、平度北站、海天（中心）站、昌邑北站、寒亭站11个车站，设备管理中心下设10个保养工区、检查工区、桥梁工区、机修工区及3个综合养护工区。